第一大愿，相好如我愿

       “愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时。自身光明炽然。照曜无量无数无边世界。以三十二大丈夫相八十随好庄严其身。令一切有情如我无异。”

       在其来生得无上正等正觉时，身体充满光明，庄严美好，而且使众生也如同自己一样。自己有了圆满的智慧和福德，也愿众生都与自己一样幸福自在。

       第二大愿，身光利他愿

       “愿我来世得菩提时。身如琉璃内外明彻净无瑕秽。光明广大功德巍巍。身善安住焰网庄严过于日月。幽冥众生悉蒙开晓。随意所趣作诸事业。”

       在其来生得无上正等正觉时，身相圆满明净，功德无量，而且能度幽冥众生，使众生得到开示，能够随心所趣。

       第三大愿，资生无尽愿

       “愿我来世得菩提时。以无量无边智慧方便。令诸有情皆得无尽。所受用物。莫令众生有所乏少。”
在其来生得无上正等正觉时，以无量的智慧和方便，利益众生，使众生都能得到无穷无尽的可使用的物品。

       第四大愿，安住菩提愿

       “愿我来世得菩提时。若诸有情行邪道者。悉令安住菩提道中。若行声闻独觉乘者。皆以大乘而安立之。”

       在其来生得无上正等正觉时，教化众生，让有错误观念的人都得到觉悟，使佛教中持小乘思想的人都趋入大乘。

       第五大愿，戒行清净愿

       “愿我来世得菩提时。若有无量无边有情。于我法中修行梵行。一切皆令得不缺戒具三聚戒。设有毁犯闻我名已。还得清净不堕恶趣。”

       在其来生得无上正等正觉时，如果众多有情皈依佛教修梵行时，都能守戒。如果犯了戒，一旦听到药师如来之名，就能得到清净，免于堕入恶道。

       第六大愿，诸根完具愿

       “愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞颠狂，种种病苦；闻我名已，一切皆得，端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦。”

       在其来生得无上正等正觉时，让那些身有残疾，形态丑陋，有诸病苦的人，听到药师佛的名号，都能身体健康，形态端庄，消除种种疾苦

       第七大愿，安康乐道愿

       “愿我来世得菩提时。若诸有情。众病逼切无救无归无医无药无亲无家贫穷多苦。我之名号一经其耳。众病悉得除身心安乐。家属资具悉皆丰足。乃至证得无上菩提。”

       在其来生得无上正等正觉时，让那些贫病交迫、穷困潦倒、无家可归者，在听了药师如来的名号之后，可以病痛消除，有家有财，身心安乐，直至获得无上的觉悟。

       第八大愿，转女成男愿

       “愿我来世得菩提时。若有女人。为女百恶之所逼恼。极生厌离愿舍女身。闻我名已。一切皆得转女成男。具丈夫相。乃至证得无上菩提。”

       在其来生得无上正等正觉时，那些为女身百恶所逼迫烦恼而不想再作女人者，一旦听到药师佛的名号，能转女成男，并获得无上觉悟

       第九大愿，改邪归正愿

       “愿我来世得菩提时。令诸有情。出魔罥网。解脱一切外道缠缚。若堕种种恶见稠林。皆当引摄置于正见。渐令修习诸菩萨行速证无上正等菩提。”

       在其来生得无上正等正觉时，宣扬佛法，阐明佛理，让那些堕入魔网和外道邪见的众生，都能获得解脱，接受正见，安立在菩提正道，修菩萨行，直至达到最高的觉悟。

       第十大愿，免难消灾愿 

       “愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所録。绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。”

       在其来生得无上正等正觉时，让那些在世俗社会中犯了王法而身陷牢狱，面临刑罚的人，一听到药师佛的名号，可以摆脱这些灾难痛苦。

       第十一大愿，得妙饮食愿

       “愿我来世得菩提时。若诸有情。饥渴所恼。为求食故造诸恶业。得闻我名专念受持。我当先以上妙饮食饱足其身。后以法味。毕竟安乐而建立之。”

       在其来生得无上正等正觉时，让那些为饥渴逼迫而造恶业的人，在听闻药师佛的名号后，都能饱餐美食，并开示佛教妙法，使其获得安乐。

       第十二大愿，得妙衣具愿

       “愿我来世得菩提时。若诸有情。贫无衣服。蚊虻寒热昼夜逼恼。若闻我名专念受持。如其所好即得种种上妙衣服。亦得一切宝庄严具华鬘涂香鼓乐众伎。随心所玩皆令满足。”

       在其来生得无上正等正觉时，让那些因为贫困而无衣受苦的人，在听闻到药师佛的名号后，能获得各种上好的衣服以及种种装饰物和娱乐物品，满足人的种种愿望。